ראשיתו של הגן למחקר זואולוגי במכון הביולוגי-פדגוגי, שנוסד בשנת 1931 ברחוב יהודה הלוי בתל אביב, על ידי חוקר הטבע והמחנך יהושע מרגולין. מטרת המכון הייתה הכשרת מורים לטבע לילדי ישראל. בבסיס המכון עמדה המחשבה שהכרת הטבע היא הדרך הטובה ביותר לחבר אנשים לארצם.

יהושע מרגולין ניהל את המכון עד יום מותו בשעת 1947. ממשיכו של מרגולין היה פרופ' היינריך מנדלסון, שעלה ארצה בשנת 1933 ועשה את עבודת הדוקטורט שלו באוניברסיטה העברית. מנדלסון יצר קשר עם מרגולין, החל לעבוד איתו, ולאחר מותו החליף אותו כמנהל המכון הביולוגי-פדגוגי.

לאחר מלחמת השחרור הציעה עיריית תל אביב לפרופ' מנדלסון לבחור מקום אחר, גדול יותר, שישמש אכסניה למכון. לאחר בדיקת אפשרויות שונות עבר המכון לאבו-כביר, למבנה שנועד במקורו לשמש כבית חולים.

בשנת 1953 הוקם באבו-כביר "המכון האוניברסיטאי למדעי הטבע", בראשותו של פרופ' מנדלסון. בשנת 1956 צורף מכון זה למכון למדעי הרוח והפך לאוניברסיטה – אוניברסיטת תל אביב. הגן הזואולוגי היה לחלק מהמחלקה לזואולוגיה באוניברסיטה החדשה, והמשיך להתרחב ולצמוח כתשתית המחקר וההוראה של מחקר הטבע באוניברסיטת תל אביב.

בשנת 1981 עבר הגן הזואולוגי למקומו הנוכחי בקמפוס האוניברסיטה ברמת אביב.

צילום: עמיקם שוב

פרופ' מנדלסון מדריך סטודנטים במרכז הזואולוגי באבו כביר

צילום: עמיקם שוב

תחילת הבנייה של הגן למחקר זואולוגי